بولگاکوف نوشتن این رمان را در سال 1928 آغاز کرد و اولین نسخه خطی آن را دو سال بعد به دست خود آتش زد. دلیل این کار احتمالاً ناامیدی بهدلیل شرایط خفقانآور آن زمانِ اتحاد جماهیر شوروی بوده است. در سال 1931 بولگاکوف دوباره کار نوشتن این رمان را آغاز کرد و پیشنویس دوم در سال 1935 به اتمام رسید. کار بر روی سومین پیشنویس نیز در سال 1937 به پایان رسید و بولگاکوف با کمک گرفتن از همسرش، بهدلیل بیماری، کار بر روی نسخه چهارم پیشنویس را تا چهار هفته پیش از مرگش در سال 1940 ادامه داد. استاد و مارگریتا در نهایت در سال 1941 توسط همسر بولگاکوف به پایان رسید، اما در زمان استالین اجازه چاپ به این اثر داده نشد و سرانجام در سال 1965 با حذف 25 صفحه و تغییر برخی نامها و مکانهای ذکر شده در تیراژ محدودی به چاپ رسید که با استقبال شدید مردم مواجه شد. نسخههای آن یکشبه به فروش رفت و کتاب با قیمتی نزدیک به صدبرابر قیمت روی جلد به کالایی در بازار سیاه تبدیل شد.
این رمان از سه داستان موازی تشکیل شده است که در نهایت یکپارچه میشوند: سفر شیطان به مسکو، داستان پونتیوس پیلاطوس و به صلیب کشیده شدن مسیح و عشق استاد و مارگریتا.